Le Ninjutsu est né au Japon il y a très longtemps...Le terme "NINJUTSU" est composé de 2 idéogrammes (Kanji) dont les sens sont "technique, art, méthode" et "endurance, persévérance, discrétion, furtif".
Les "Ninja" sont donc des individus (Ja/Sha) endurants et discrets (Nin/Shinobu/Shinobi).
Depuis les temps lointains, toutes les nations ont eu recours à des espions ou des guerriers entraînés à récolter les renseignements. Le Japon a pour particularité de codifier beaucoup de pratiques et de traditions. C'est ainsi que la tradition d'utiliser des agents infiltrés et une police secrète fut peu à peu élaborée.
C'est en 660 avant Jésus Christ que l'on trouve l'une des premières traces de l'utilisation d'agents infiltrés au Japon. En ce temps, le premier empereur, Jimmu Tenno, demanda à Shinetsuhiko et à Otokasi de s'infiltrer en territoire ennemi afin de lui rapporter une argile précieuse. la mission fut un succés et l'empereur finit par vaincre son ennemi.
Puis vers l'an 600 de notre ère, Otomo no Saijin reçut le premier le qualificatif de "Shinobi" (furtif, discret) de la part du prince impérial Shotoku. Mais c'est de l'ère Chiryaku à l'ère Oho (de 1065 à 1163), que le Ninjutsu se développa vraiment à partir des enseignements de Hakku Un Doshi, Kain Doshi, Daisuke Togakure,...
Puis, au cours des siècles, le Japon fut le berceau de multiples groupes isolés qui donnèrent naissance à une multitude de traditions de Ninjutsu.